Situada en pleno Bajo Aragón, en la cuenca del río Mezquín. Su término municipal ocupa una superficie de 20,97  km²y sus límites administrativos son los términos municipales de Torrecilla de Alcañiz, al Norte; Valjunquera y Fórnoles, al Este; Belmonte de San José, al Sur y finalmente, Torrevelilla, al Oeste.
La principal vía de acceso a La Codoñera e s la carretera A-2407 que la comunica con Torrecilla de Alcañiz y la carretera A-2408 que la comunica con Castelserás y Torrevelilla. Por el este, la carretera local TE-V-8441 permite el acceso desde la nacional N-232.
La Codoñera se sitúa a 16 kilómetros de Alcañiz y a 160 kilómetros de Teruel. Su altitud es de 499 metros sobre el nivel del mar.

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